به گزارش روابط عمومی سازمان فرهنگ و ارتباطات اسلامی  این مسجد که از موقوفات «حسین چهایی» است, پس از سال 1793م. به همّت فردی معروف به «حاجی علی» مرمّت و بازسازی گردید و بعدها به نام مسجد بایراکلی معروف شد. این مسجد امروزه یکی از مراکز تجمّع مسلمانان بلگراد می‌باشد.

پیش از حملة ترکان عثمانی, این مکان به موازات مسجد دیگری بنام «علی پاشینه» که در محله‌ای به نام «درْچل» واقع شده بود, سربرآورد. روایات و داستانهای تاریخی, گویای این مطلبند که مکان فعلی مسجد بایراکلی, در گذشته همان محلّ اقامت سلطان و خیمه وی بوده است و پس از آن به مسجد تبدیل گشته است. برخی تاریخ نگاران بر این باورند که زمان ساخت مسجد به تاریخ «1660م.» باز‌می‌گردد؛ در مقابل برخی دیگر بر این اعتقادند که زمان ساخت مسجد سال 1688م. بوده است. همچنین برخی معتقدند که بانی و سازندة این مسجد «اولیای چلبی» جهانگرد معروف ترک بوده است؛ امّا وی در نوشته‌هایش چنین مطلبی را ذکر نکرده است. البته این مطلب نمی‌تواند استدلالی قوی برای ردّ ادعای ساخت توسط وی باشد, چرا که بسیاری از مساجد دیگر بلگراد که در گذشته وجود داشته‌اند را وی بانی و سازنده بوده است.

بر اساس نقشة قدیمی شهر بلگراد که در سال 1739م. تهیه شده است, این مسجد در بخش کاتولیک نشین شهر قرار داشته است. آثار کشف شدة پشت منبر مسجد نمایانگر آنست که ضلع شرقی دیوار که از خشت ساخته شده, کمی بعد از اتمام بنای سنگی مسجد ایجاد گردیده است؛ همچنین مناره‌های خشتی مسجد که در گذشته تا حدّی ویران شده بود, بازسازی و به شکل امروزی درآمده است. در قرن هجدهم میلادی بازسازی مسجد با موقوفات «حسین چهایی بلگرادی» که از منصب‌داران «علی پاشا» بود: انجام شد؛ و به همین دلیل در این دوره مسجد بنام «حسین چهایی» و یا «مسجد چهایی بگم» شناخته می‌شده است.

از هجدهمین سال قرن هجدهم میلادی تاکنون, این مسجد به نام بایراکلی شناخته می‌شود. این نامی است که هنوز هم برای اهالی شهر بلگراد آشناست و برای آنان یادآور محلّی مقدّس و عبادتگاهی الهی است؛ نامی که از «بایراک» گرفته شده است؛ و بایراک لغتی است ترکی و به معنای «پرچم». اطلاعات جالب و قابل توجه دیگری راجع به این مسجد و تاریخ آن در دورة پادشاهی, قرن نوزدهم میلادی توسط یکی از امامان مسجد با نام مستعار «الْبلگرادی» که خود از اهالی بلگراد بوده در سال 1725م. در بخشهایی از کتاب «صدای اسلام» موجود می‌باشد.

 معماری:  از آن جایی که مسجد بایراکلی تنها مسجد باقی‌مانده در پایتخت کشور صربستان می‌باشد می‌توان از آن به عنوان سند و مدرکی معتبر برای بیان تاریخ و اثبات برخی از نظرات و ردّ و انکار برخی ادّعاها بکار برد. برخی از آثار تاریخی عکسها, تصاویر و سایر مسائل کهن و تاریخی مربوط به این مسجد و همچنین عکسهایی تکنیکی که از بخشهایی از آن گرفته شده است هم اکنون در موزة شهر بلگراد موجود است. از این مسجد و همچنین مدارک و مأخذ تاریخی آن مانند سایر بناهای تاریخی و فرهنگی با دقّت حفاظت و نگهداری می شود؛ در عین حال عکسها و تصاویری که از دوره‌های مختلف این مسجد می‌باشد, در موزه‌ها تحت مراقبت و نگهداری‌اند. بنای ظاهری مسجد ساختمانی است استاندارد, با گنبدی در میانة آن, طول دیواره‌ها 80/12 مترمربع و قطر آنها یک متر و سی‌سانتی‌متر می‌باشد همچنین از ابعاد داخلی بنا می‌توان به گنبد آن که قطری برابر با 20/10 متر دارد اشاره کرد. محراب در ضلع جنوب شرقی آن و درورودی در ضلع شمال غربی در دیواری تعبیه شده و منارة مسجد در سمت راست بنا واقع شده است. کمی پیش از ورود از در به داخل شبستان مسجد بخشی وجود داشته مانند سایر مساجد که در گذر زمان ویران شده بود, امّا این بخش هم, اکنون احیا شده است. دیوارهای سنگی که برای حفاظت از مسجد بر پا شده‌اند هم چنان به قوّت خود باقی‌اند و علاوه بر آن در بازسازی سال 1954م. برای حفاظت بیش‌تر, روپوشی از بتون، بر نقاطی از بنای مسجد کشیده شد, که در این امر برخی پنجره‌ها هم مستثنی نبوده‌اند و به همین دلیل در روز روشن برای غلبه بر تاریکی در مسجد لامپهایی روشن می‌کنند.

هم اکنون اداره مسجد بایراکلی برعهده مصطفی و محمد پسران حمدی است. آنها تحصیلات خود را در دانشگاه, الازهر به اتمام رسانده‌اند زیرا مادرشان از اهالی مصر بود. مصطفی مفتی بلگراد و محمد که مدتی سفیر صربستان در عربستان سعودی بود از سال 2023 ریاست جامعه اسلامی را برعهده گرفته است. خواهر آنها مونا نیز که دانش آموخته الازهر مصر است، انجمن زنان فعال را به ثبت رسانده و به امور آموزشی و تربیتی در مدرسه مرکز مشغول است.

هرگاه مسلمانی از دنیا برود با حضور دیگر مسلمانان تشییع و مراسم مخصوص از جمله نماز میّت و ... در مسجد برگزار می شود.علاوه بر بخشهای مذکور مدیریت مسجد اقدام به بنای ساختمانی در جوار مسجد نموده که در حقیقت این مکان مدرسه‌ای دینی است که مجوز وزارت آموزش صربستان را دارد و در آن علاوه بر آموزش دروس جدید ، درس های اسلامی هم تدریس می شود.

 در ساختمان مذکور بخشی جهت برگزاری نماز برای بانوان احداث گردیده که در مواقعی که مسجد با کمبود جا برای خواهران مواجه است این مکان مشکل‌گشا می‌باشد؛ امّا بطور عادّی محلّ برگزاری نماز بانوان طبقة دوم مسجد است که مشرف بر شبستان مسجد می‌باشد. فروشگاه کوچکی که کتابهای جدید اسلامی و اعلامیّه‌ها و ... را در اختیار نمازگزاران قرار می‌دهد, وجود دارد. در ضمن هر هفته نماز جمعه برگزار می‌شود.